30-årige Magnussen kom videre til Q2 i lørdagens kvalifikation, hvor der dog ikke var fart i Haas-raceren til at bide skeer med de tunge drenge i duellen om at komme med i Q1.
Selv om han satsede i Q2 og forbedrede sig en smule, sluttede han sidst i Q2 og starter som nummer 15.
Danskeren havde vist pæn fart i lørdagens tredje og sidste træning. Her var han ikke langt fra top-10, og det blev også en godkendt kvalifikation for Magnussen.
Der var kun kørt ni minutter af Q1, da kvalifikationen blev afbrudt. Logan Sargeant kørte sin Williams-racer i barrieren i svinget ind til mållangsiden.
På det tidspunkt havde Magnussen 11.-bedste tid, men syv kørere havde endnu slet ikke at en tid.
Da kvalifikationen blev genoptaget, forberede danskeren sig præcis nok til, at han sneg sig videre til Q2 med en 15.-plads.
Efter at have haft det svært over for teamkammerat Nico Hülkenberg i kvalifikationerne i sæsonen var Magnussen for andet løb i træk bedre end tyskeren i tidtagningen.
Hülkenberg kom ikke videre til Q2.
I Q2 blev Magnussen længe i garagen. Haas ventede på, at de øvrige biler fik kørt banen varm, så danskeren fik optimale betingelser, når han skulle forsøge at køre en hurtig tid hjem.
Det gav en forbedring af tiden fra Q1, men det var ikke nok til at gøre ham gældende til top-10.
Danskeren har kun én gang i karrieren været i Q3 på Suzuka. Det var i hans debutsæson hos McLaren i 2014.