Den tredobbelte verdensmester Max Verstappen udgik af et løb for første gang i to år, efter at et bremseproblem i Melbourne fik røg til at vælte ud af hans Red Bull.
Carlos Sainz tog det ternede flag, og holdkammeraten Charles Leclerc fulgte efter og sikrede Ferrari en dobbeltplads for fjorten dage siden.
Verstappen havde startet sæsonen i typisk dominerende stil og vundet eftertrykkeligt i Bahrain og Saudi-Arabien, mens Ferrari kæmpede bagved.
I Australien vendte bøtten, men hollænderen har vundet i Japan de seneste to år, og Suzuka er en af hans favoritbaner.
De skarpe sving og dramatiske højdeforskelle giver Verstappen mulighed for at få mest muligt ud af sin Red Bulls overlegne fart, selvom der er varslet regn til søndagens løb.
"Vi vidste, at en dag som denne kunne komme på et tidspunkt," sagde Verstappen om sin tidlige exit fra Melbourne.
"Så vi skal være stolte over, at vi har haft en god periode med ni løb (sejre) i træk, og vi kan komme stærkere tilbage til Suzuka."
Verstappens problemer i Australien forværrede en turbulent start på sæsonen for Red Bull, hvis Grands Prix-sejre blev overskygget af uenighed på holdet og beskyldninger mod chefen Christian Horner.
Verstappen, som i Australien sagde, at han har tænkt sig at fuldføre sin kontrakt med det altoverskyggende team, håber at finde ro på Suzuka.
Han har ofte talt om sin kærlighed til den "gammeldags" bane, hvor han vandt sin anden VM-titel i 2022 og hjalp Red Bull med at vinde konstruktørtitlen sidste år.
Sidste år vandt Verstappen med næsten 20 sekunder ned til Lando Norris på andenpladsen.
Dette års løb er blevet rykket frem i kalenderen fra den ellers traditionelle placering sidst på sæsonen.
Ferrari på vej tilbage
Den regerende verdensmester kan stå over for en større udfordring denne gang efter hvis Sainz' sejr i Melbourne.
Spanieren, som bliver erstattet af Lewis Hamilton hos Ferrari i næste sæson, vendte tilbage efter en blindtarmsoperation, som fik ham til at gå glip af det forrige løb i Saudi-Arabien.
Han sluttede 2,3 sekunder foran holdkammeraten Leclerc, som nu kun er fire point efter Verstappen i den samlede stilling efter tre løb.
"Teamet fortjener denne et-toer, vi gjorde et fantastisk stykke arbejde hele weekenden," sagde Sainz, som er nummer fire i den samlede stilling, 11 point efter Verstappen.
"Vi kørte et perfekt løb, strategien sad lige i skabet, og mekanikerne var utrolige og leverede præcise og hurtige pitstop hver eneste gang."
Sainz og Leclerc sluttede foran Norris, hvis McLaren-teamkammerat Oscar Piastri blev nummer fire.
McLaren vil i Japan forsøge at bygge videre på den stærke præstation, især fordi Mercedes ser ud som en skygge af sig selv i starten af sæsonen.
Motorfejl tvang Hamilton ud i Melbourne, mens George Russell undslap et alvorligt uheld på næstsidste omgang, da det britiske team ikke sluttede med point for første gang i 62 løb.
En fortvivlet Hamilton sagde, at det var en af hans værste starter på en sæson, og at der ikke var udsigt til bedring i den nærmeste fremtid.
"Det er hårdt, at vi ikke er så konkurrencedygtige, som vi gerne ville være i øjeblikket, men vi bliver ved med at arbejde hårdt," sagde den syvdobbelte verdensmester.
"På kort sigt forventer jeg, at vi stadig vil finde det svært at udfordre længere oppe, men vi vil se, hvad vi kan gøre på mellemlang sigt."