Embiid, som stadig kæmper for at finde topformen efter at have været væk i to måneder efter en knæoperation, steppede op i anden halvleg for Sixers, som var bagud med hele 13 point i tredje quarter i kampen i NBA Play-in turneringen.
Miami, som kom videre fra play-in-turneringen og nåede NBA-finalen sidste år, kan stadig nå slutspillet.
På fredag spiller de en must-win-kamp mod Chicago Bulls, som slog Atlanta Hawks 131-116 for at holde sig i live.
I Philadelphia scorede Embiid 13 point i anden halvleg og lavede en afgørende tre-pointer med 2:33 tilbage af kampen.
Føringen skiftede hænder to gange, før Embiid fandt Kelly Oubre Jr., der bragte Philadelphia foran med 36 sekunder tilbage.
Sixers-reserven Nicolas Batum scorede 17 af sine 20 point i anden halvleg og kom op med en stor blokering på Tyler Herro med 26,2 sekunder tilbage, hvorefter 76ers sikrede sig sejren.
Tyrese Maxey kaldte holdkammeraten Batum for "aftenens stjerne," men Embiid vil være nøglen til 76ers' held mod de andenseedede Knicks.
Deres serie starter på lørdag i Madison Square Garden.
"Jeg synes, han kæmpede," sagde Nurse om Embiid.
"Han gjorde det godt især sent i kampen. Jeg tror, det er en god kamp at få under bæltet ... med en masse intensitet og en masse minutter."
White viser vejen for Bulls
Miami skal møde et Bulls-hold, der har fået ny energi efter en sejr over Hawks.
Coby White scorede 42 point og tilføjede ni rebounds og seks assists uden en eneste turnover.
Nikola Vucevic leverede 24 point og 12 rebounds, og DeMar DeRozan scorede 22 point for Bulls, som scorede 40 point i første quarter og derefter aldrig kom bagud.
Dejounte Murray førte Hawks an med 30 point, og Trae Young og Clint Capela scorede 22 hver i nederlaget, der afsluttede deres drøm om en plads i play-off.
Atlanta lavede 45 point i andet quarter, da de reducerede et 18-points-underskud til seks ved pausen, men Bulls trak fra igen i anden halvleg og førte med hele 23 point.
White, som er kandidat til titlen som den mest forbedrede spiller, efter at han har fået en fuldtidsstartplads for Bulls i denne sæson, satte 15 ud af 21.
"Jeg er bare så taknemmelig - over fremskridtene, at arbejdet endelig viser sig og den mulighed, jeg har fået af denne organisation," sagde White.
"Vi har en kamp mere på fredag, vi skal videre i slutspillet," tilføjede White og forudsagde, at fredagens kamp i Miami - med et møde i første runde med de topseedede Boston Celtics på programmet - ville blive en "junkyard fight".