Han er blevet fældet af en positiv coronatest, oplyser hans hold, Ineos Grenadiers, på Twitter.
Ganna havde udvist "milde, influenzalignende symptomer" før den positive test.
Filippo vil nu hvile og komme sig helt, inden han genoptager sit resterende 2023-løbsprogram.
Timingen er noget uheldig for Ganna, der i 2020 og 2021 blev verdensmester i enkeltstart.
Søndag venter i Giroen en 35 kilometer lang enkeltstart, hvor Ganna var en del af favoritfeltet.
Den 26-årige Ganna har tidligere vundet seks etaper i Giroen. Fem af dem har været på enkeltstart.
Ganna er den fjerde rytter, der bliver testet coronapositiv i løbet af Giroens første uge.
I forvejen har franske Clément Russo (Arkea Samsic) samt italienerne Giovanni Aleotti (Bora) og Nicola Conci (Alpecin-Deceuninck) forladt løbet af samme årsag.