Nederlaget var Argentinas første i kvalifikationen efter at have gjort rent bord i de første fire kampe.

Ronald Araujo scorede til 1-0 for Uruguay efter 41 minutter med en førstegangsberøring i feltet.

Med tre minutter tilbage af den ordinære spilletid kunne Darwin Nunez på en friløber lukke kampen ved at sende bolden mellem benene på Emiliano Martínez i det argentinske mål.

Messi, der har været igennem et skadeplaget efterår, fik alle 90 minutter for Argentina, der ifølge verdensstjernen havde problemer med at få spillet i gang.

"Vi følte os aldrig komfortable, fandt ikke en måde at få bolden på eller styre slagets gang, var ikke i stand til at holde fast i bolden i længere tid, skabte ikke chancer, og spillede det spil, som de ønskede, i deres rytme," lyder det fra Messi til tv-kanalen TyC Sports ifølge nyhedsbureauet Reuters.

"De (Uruguay, red.) er et fysisk hold, der er farlige på kontraangreb, og det viste de med de mål, de scorede."

Argentina er trods nederlaget stadig nummer et i kvalifikationen med 12 point, men Uruguay er nu kun to point bag de forsvarende verdensmestre.

Colombia, der takket været to mål fra Luis Diaz vandt 2-1 over Brasilien natten til fredag dansk tid, er på tredjepladsen med ni point.