Den indskiftede FCM-angriber Edward Chilufya kom ind i den forlængende spilletid og reducerede til 1-2, så midtjyderne gik samlet videre til næste runde med en 3-2-sejr.
Resultatet var utilfredsstillende for FCM-træner Thomas Thomasberg, der havde håbet på en anderledes rolig aften i Luxembourg.
"Det var en blanding af mange ting fra os, samtidig med at de leverede en høj effektivitet foran mål. Vi må siges at have fået en lærestreg i den første udekamp i sæsonen."
"Nu kommer der en mere allerede på søndag og så igen i Europa i næste uge, og der skal vi selvfølgelig se markant bedre ud," siger Thomasberg til klubbens hjemmeside.
På søndag skal FCM møde Lyngby på udebane i Superligaen, mens der venter en tur til cypriotiske Omonia i tredje kvalifikationsrunde i Conference League.
"Jeg er selvfølgelig glad for, at vi er videre. Men jeg er skuffet over, at vi skulle derhen, hvor vi risikerede at ryge ud."
"Selvfølgelig skal Niederkorn have cadeau for at give alt, de havde i sig. Men jeg forventer mere kvalitet og kynisme, så vi ikke kommer helt derud," fastslår Thomasberg.
Et af lyspunkterne fra torsdagens FCM-nederlag var Edward Chilufya, som kom ind fra bænken og afgjorde det hele.
"Så meget spilletid har han heller ikke fået, og han har også haft lidt skader. Det var fedt at se bolden gå ind, og jeg synes også, han havde andre aktioner, der var lige ved at føre til et eller andet."
"Det var positivt, at vi fik en spiller ind fra bænken, som var med til at afgøre kampen," siger Thomasberg.