Først efter forlænget spilletid lykkedes det for FCM at sikre den samlede sejr i torsdagens returkamp i Luxembourg.
Her reducerede FCM til 1-2 i torsdagens kamp, og dermed avancerede holdet med samlet 3-2.
På en skidt aften blev Edward Chilufya helten med den vitale scoring i forlængelsen.
Træner Thomas Thomasberg tog ellers opgaven alvorligt i sin udvælgelse, og han stillede med sine stærkeste folk, måske lige med undtagelse af Gustav Isaksen, der ifølge flere medier er tæt på et stort skifte til Lazio.
Midtjyderne var favorit til at cruise den samlede sejr hjem uden problemer, men allerede efter et kvarter kom der grus i gameplanen.
Selv om Niederkorn var i klart undertal omkring det danske felt, kunne Mayron de Almeida med en smart dribling komme på skudhold og bringe hjemmeholdet foran med en flad afslutning fra kanten af feltet.
Chokstarten fik FCM op i gear, og i flere faser var det danske hold i stand til at presse Niederkorn langt tilbage. Men uden gevinst før pausen.
Faktisk var Niederkorn tættere på 2-0, da den franske forsvarsspiller Hamadou Karamoko kort før pausen hamrede bolden på oversiden af overliggeren efter en dødbold.
Det skulle blive værre endnu kort efter pausen. Mayron de Almeida blev spillet fri i feltet, og med et godt træk og tørt hug blev han dobbelt målscorer og øgede til 2-0.
Efter godt en times spil fik FCM's Juninho en stor chance for at reducere, men keeperen reddede. Det samme skete, da Oliver Sørensen afsluttede kort før tid, og så måtte der forlængelse til.
Her dominerede FCM og jagtede det afgørende mål, men hjemmeholdets spillere kæmpede heroisk for at holde nullet.
Omkring midtvejs i forlængelsens anden halvleg kom den midtjyske forløsning dog. Edward Chilufya, der var blevet skiftet ind til forlængelsen, løb solo og sendte bolden flot i mål fra godt 20 meter.
I tredje runde af kvalifikationen venter nu Omonia fra Cypern, der overbevisende slog Gabala fra Aserbajdsjan.