Den 27-årige slovener var lidt efter Ryoyu Kobayashi efter første runde, men fik med et stærkt sidste hop på 137 meter klemt sig op på førstepladsen foran den japanske stjerne.
Nytårshoppet i Garmisch-Partenkirchen er den anden afdeling i Firebakketurneringen, der afvikles lige før og efter årsskiftet.
Det var Laniseks sjette World Cup-sejr i karrieren, men det var den første i en afdeling af den prestigefyldte Firebakketurnering.
Tyskeren Andreas Wellinger vandt forleden den første afdeling i Oberstdorf foran Kobayashi og østrigeren Stefan Kraft, og mandag blev han treer foran tre østrigere på de følgende pladser.
Set med hjemmepublikummets briller var konkurrencen den 22. i træk uden en tysk vinder. Ikke siden Sven Hannawald i 2001/02 gjorde rent bord i Firebakketurneringen, har en tysker vundet i Garmisch-Partenkirchen.
Også for sidste års vinder på nytårsdag og af den samlede Firebakketurnering, norske Halvor Egner Granerud, endte mandagens dyst i en gedigen nedtur. Han missede således helt at være blandt de 30 deltagere i anden runde.
Konkurrencen blev indledt med en knockoutrunde, hvor de 50 deltagere tørnede sammen i 25 dueller. Herefter avancerede vinderne sammen med de fem bedste tabere.
Efter første runde var østrigske Jan Hörl lidt overraskende næstbedst efter Kobayashi, men i finalerunden, hvor de 30 tilbageværende dystede alle mod alle med et hop, var Lanisek bedst.
Sloveneren var samlet set kun en halv meter bedre end Kobayashi længdemæssigt, men endte 3,2 point foran japaneren, da der var taget højde for stilkarakter og vindkompensation.
De sidste afdelinger af Firebakketurneringen afvikles 3. og 6. januar i de østrigske byer Innsbruck og Bischofshofen.