Prescott går ind i den sidste sæson af en kontrakt på 160 millioner dollars (1,1 mia. kroner) for fire sæsoner, som han underskrev i 2021.
Cowboys ændrede Prescotts rosterbonus på 5 millioner dollars (34 mio. kroner) til en signing bonus og tilføjede yderligere to år til aftalen, som kunne annulleres, hvilket Prescott skulle acceptere.
Ændringerne giver Cowboys yderligere 4 millioner dollars (27 mio. kroner) under NFL's lønloft i år, men vil øge hans cap hit i 2025 til 40 millioner dollars (27 mio. kr.).
"Dak har været villig til at arbejde sammen med os, og vi har haft gode diskussioner om hans kontrakt. Det er alt, hvad vi vil sige om vores forhandlinger med ham. Vi ønsker at holde dem private", siger Cowboys' driftschef Stephen Jones.
Cowboys arbejder også på kontraktforlængelser med stjerne wide receiver CeeDee Lamb og pass-rusheren Micah Parsons.
"Vi vil ikke komme ind på tidslinjer, men det er en prioritet for os, ligesom det er for CeeDee og Micah. Det er vores mål - at arbejde på at få de tre fyre på kontrakt", lyder det fra Jones.
30-årige Prescott førte NFL sidste sæson med 36 touchdowns og 410 completions i alt. Han er tre gange Pro Bowl-quarterback og blev i 2016 kåret til årets offensive Rookie i NFL. Men Prescott har haft det svært i slutspillet, hvor det kun er blevet til 2-5 record for Cowboys, inklusive et hjemmebanenederlag i wildcard-runden til Green Bay i sidste sæson.
Cowboys er ikke gået videre til conference-finalen siden deres seneste Super Bowl-titel, som kom i 1995-sæsonen.