Det er den samme skade, som tvang Alcaraz til at trække sig fra Monte Carlo Masters i denne uge, og den kommer kun få uger før French Open.
"På trods af at han har forsøgt indtil sidste øjeblik, vil han ikke være med i Barcelona Open," lyder det i en erklæring fra arrangørerne.
Alcaraz vil i stedet fokusere på Madrid Open - der løber fra 24. april til 5. maj - som han også har vundet ved de seneste to lejligheder.
Den 20-årige har endnu ikke tilføjet en French Open-triumf til sine US Open- (2022) og Wimbledon-titler (2023), og hans bedste præstation var en semifinale sidste år.
French Open begynder den 20. maj.
Som topseedet i Barcelona ville Alcaraz have været oversidder i anden runde - en luksus, som hans superstjerne landsmand Rafael Nadal ikke har.
Den 37-årige har fået en wild card-invitation, da han vender tilbage til ATP-touren for første gang, siden en hofteskade blussede op i januar.
Den 22-dobbelte Grand Slam-mester har kun spillet én gang, i en opvisningskamp mod Alcaraz, siden sit kvartfinalenederlag til Jordan Thompson i Brisbane Open.
Nadal gik glip af stort set hele 2023-sæsonen på grund af en skade og er faldet til nr. 646 på verdensranglisten.
Skaden i Brisbane fik ham til at trække sig fra Australian Open samt Doha og Indian Wells, hvor han ellers havde plalagt at gøre comeback.
Da dette potentielt er Nadals sidste år på touren, er tiden ved at løbe ud for Nadal, hvis han skal have den nødvendige optakt for potentielt at kunne gøre sig kampdygtig for at vinde French for 15.gang, hvilket vil være ny rekord.
"Jeg er selvfølgelig glad for at være her, Barcelona er et sted, der har bragt mig stor glæde, og hvor jeg har tilbragt perioder af mit liv," sagde Nadal ved lørdagens lodtrækningsceremoni.