Luis Enrique tog den franske kaptajn Kylian Mbappe ud i det 65. minut, da PSG tabte. Hans afløser, Goncalo Ramos, vandt og omsatte et straffespark i overtiden, der gav hjemmeholdet uafgjort 1-1 i Ligue 1.
Mbappe har sagt, at han planlægger at forlade klubben, når hans kontrakt udløber efter denne sæson, og Real Madrid forventes at være hans næste destination.
"Det er meget enkelt, før eller siden, når det sker, må vi vænne os til at spille uden Kylian," sagde Luis Enrique på pressekonferencen efter kampen.
"Når jeg vil have ham til at spille, spiller jeg ham, og når jeg ikke vil, er det det samme."
Mellem det 64. og 70. minut skiftede Luis Enrique hele sin angrebslinje ud og tog også Ousmane Dembele og Bradley Barcola ud.
"Det er et budskab til alle," sagde Luis Enrique umiddelbart efter kampen. "Hvis I tror, at jeg vil acceptere, at en spiller slapper af på banen, så gør jeg det ikke."
På pressekonferencen understregede han, at han ikke udpegede nogen spillere, og at hele holdet var "mindre inspireret" end normalt.
"Det er et budskab til alle. Jeg er meget tilfreds med mine spilleres indstilling. Men hvis nogen tror, at jeg vil udpege enkelte spillere, så er det ikke noget, som jeg gør."
"Jeg ønskede at ændre kampens udtryk. Jeg ville ikke tage Dembele ud, men han havde ondt."
"Jeg er så heldig at træne omkring 20 spillere på meget højt niveau, og jeg vil have dem til at forstå, at hvert minut skal fortjenes."
"Jeg vil have maksimal konkurrence. Jeg vil have, at hver spiller skal fortjene sin spilletid," sagde han.
"Jeg vil have mine spillere til at sige til sig selv: 'Når jeg er i startopstillingen, skal jeg få det bedste ud af det'."
PSG, som har et forspring på 11 point ned til Brest i Ligue 1, møder Monaco på tredjepladsen på fredag, inden de rejser til San Sebastian for at møde Real Sociedad i Champions League-ottendedelsfinalen den 5. marts, hvor de fører 2-0 fra det første opgør.
"Jeg elsker det," sagde Luis Enrique.
"Jeg vil gerne have, at hver kamp bliver sådan, som Brest, Monaco og Real Sociedad. Jo hårdere kampe, jo bedre. Er der nogen, der tror, at returkampen mod Real Sociedad bliver let?"