Med sejren er Mainz fortsat placeret under nedrykningsstregen, men kravler tættere på overlevelse. Holdet har et enkelt point op til playoff på 16.-pladsen.
Augsburg er placeret på en 12.-plads med otte point ned til Mainz.
Mødet mellem Bo Henriksen og Jess Thorup var første gang to danske cheftrænere stod over for hinanden i Bundesligaen.
Mainz kom ud til lørdagens kamp fyldt med energi og opportunisme, som afspejlede deres nyansatte cheftræner, og hjemmeholdet dominerede gennem hele første halvleg.
Flere gange havde Bo Henriksens mandskab muligheden for at komme i front. Det var tæt på efter små 40 minutter, da kanten Lee Jae-sung modtog bolden helt fri i feltet, men sparkede på undersiden af overliggeren.
To minutter inden pausen fik Mainz endelig hul på bylden til stor glæde for Bo Henriksen på sidelinjen, der kvitterede med vanlig vild jubel, da midtstopperen Sepp van den Berg headede bolden i kassen efter en dødbold.
I første halvlegs tillægstid kunne føringen blive fordoblet, men hjemmeholdets Nadiem Amiri sparkede et straffespark på stolpen.
Efter 50 minutter blev kampen midlertidig afbrudt, da banen blev bombarderet med tennisbolde fra Augsburgs udebaneafsnit.
Det var langtfra den eneste kamp i den bedste og næstbedste tyske fodboldrække, der lørdag blev afbrudt af fanprotester.
Protesterne på tribunerne har stået på i flere uger. Fansene er uenige i klubbernes beslutning om at åbne op for, at investorer kan købe en andel af de fremtidige tv-indtægter i tysk fodbold.
Da de to hold kom i gang igen, kom Augsburg spillemæssigt lidt bedre med i kampen.
Mainz trak sig længere tilbage på banen, men Augsburg havde svært ved at bryde ned for den stramme organisation fra hjemmeholdet, der i sikker stil forsvarede sejren hjem.
I kampens tillægstid lavede den indskiftede Augsburg-dansker Mads Valentin Pedersen en stor svinestreg, da han kraftfuldt gik ind i en glidende tackling med knopperne forrest.
Tacklingen kostede et direkte rødt kort til danskeren, der formentlig kan se frem til en længere karantæne.
I Wolfsburg var Jonas Wind og Joakim Mæhle begge i startopstillingen for hjemmeholdet, der spillede 1-1 mod Dortmund.