Det argentinske fodboldikon bankede bolden i nettet med 94 et halvt minut på kampuret og tog pusten fra Lille.
Sejren var dog dyrtkøbt eftersom den brasilianske stjerne Neymar blev båret af banen i tårer med hvad der lignede en meget alvorlig ankelskade. Der venter nu sandsynligvis brasilianeren et godt stykke tid på sidelinjen af dømme ud fra TV-billederne.
Gæsterne havde ellers vendt 0-2 til 3-2, men så udlignede Kylian Mbappé, der også havde scoret til 1-0, i 87. minut, inden Messis gyldne venstrefod altså afgjorde kampen til sidst.
Neymar kom også på tavlen, da han efter lidt over et kvarter gjorde det til 2-0.
Dermed stod PSG's stjernetrio i front altså for alle fire mål. Med sejren har hovedstadsklubben nu 57 point på førstepladsen i Ligue 1.
Det er otte mere end Marseille på andenpladsen, men det kan der blive ændret på senere søndag.