Helenius, der trådte til, efter at britiske Dillian Whyte blev udelukket fra kampen på grund af en dopingtest for en uge siden, holdt længere end forventet, men røg i gulvet et minut og 27 sekunder inde i runden.
En del af tilskuerne af tilskuerne i Londons 02 Arena, som var blevet rastløse og ytrede deres utilfredshed allerede i tredje runde, var på vej mod udgangen eftersom Joshua ikke imponerede i starten af kampen.
Den store brite så nervøs og stiv ud i starten og var underligt afventende, da Helenius, som var i kamp i Finland for kun en uge siden, så ud til at stå godt imod. Joshua klatrede direkte ud af ringen uden at sige et ord, da dommer Victor Loughlin stoppede kampen.
Derefter gav han fansene en knytnæve og tog en slurk af en drink sammen med den tidligere UFC-mester Conor McGregor, før han gik ind i bokseringen igen.
Helenius fik i mellemtiden lægehjælp og lidt ilt, før han kom på benene igen.
"Jeg vidste, at dette ville ske, alle taler om den nye AJ og den gamle AJ, og efter to eller tre omgange begynder publikum at blive lidt utålmodige," sagde Joshuas promotor Eddie Hearn til BBC.
"Han fandt ud af at bruge sin højre hånd, og leverede et af årets knockouts på Robert Helenius. Det er bare den AJ, du kommer til at se nu.
"Han skal stadig være mere aggressiv, end vi så i aften, men der er meget på spil."
Knockouten var den 23. i Joshuas karriere, hvilket bragte hans rekord op på 26 sejre og tre nederlag, men hans første siden december 2020, hvor han slog bulgarske Kubrat Pulev i et WBA-, IBO-, IBF- og WBO-titelforsvar i London.
Joshua mistede disse bælter til ukraineren Oleksandr Usyk i september 2021.
Der har været snak om, at Joshua skulle bokse mod Wilder, den tidligere WBC-mester, næste år, men briten skal blive ved med at vinde for at stille sig lige så positivt som amerikaneren og den regerende mester Tyson Fury.
"Det er svært for ham at bokse kampe som denne," sagde Hearn. "Wilder-kampene, Fury-kampene, det er det, han vil have."