Danskerne virkede aldrig til for alvor at være til stede i de to sæt, der blev tabt 12-21, 18-21.
Det skete ved sæsonfinalen, BWF World Tour Finals, i kinesiske Hangzhou, hvor kun de otte bedste i hver kategori deltager.
Kampen torsdag var den anden gruppekamp for danskerne.
Onsdag lagde Astrup og Skaarup ud med en sejr i den indledende gruppe, hvor det er de to bedste, der går videre til semifinalerne.
Fredag venter igen et indonesisk par i Muhammad Shohibul Fikri og Bagas Maulana, der har tabt de to første kampe, for Astrup og Skaarup.
Danskerne skal vinde den kamp for at holde semifinalehåbet i live og er samtidig afhængig af resultatet i den anden gruppekamp, som Alfian og Ardianto skal vinde.
Den danske double fik en rigtig skidt start på kampen torsdag. Parret kom hurtigt bagud i første sæt og kom aldrig rigtig i gang.
De to danskere virkede helt ude af trit med hinanden gennem hele det første sæt, der blev tabt 12-21.
Samtidig var Alfian og Ardianto rigtig godt spillende, og det indonesiske par virkede generelt bare skarpere og hurtigere end danskerne.
Særligt Ander Skaarup havde en skidt dag på badmintonbanen og lavede rigtig mange fejl.
Problemerne mellem de to danskere fortsatte ind i andet sæt.
Igen kom de to danskere dårligt fra start og var hurtigt bagud 2-8. Skaarup og Astrup var helt modløse og stod efter flere bolde og kiggede bebrejdende på hinanden.
Mod slutningen af kampen livede danskerne en smule op, men uden man sad med følelsen af, at et comeback var under opsejling.
Alfian og Ardianto kørte sikkert sejren i land med 21-18 i andet sæt.
Med sejren er Fajar Alfian og Muhammad Ardianto klar til semifinalerne.
34-årige Skaarup og 31-årige Astrup er kvalificeret til sæsonfinalen efter et forrygende år med EM-guld, VM-sølv og fire turneringssejre.
I den benhårde konkurrence med asiatiske modstandere er den danske duo dog "kun" seedet som nummer seks i BWF World Tour Finals.
Ud over herredoublen stiller Danmark med to repræsentanter i sæsonfinalen. Det er herresinglerne Viktor Axelsen og Anders Antonsen.
De er henholdsvis femte- og syvendeseedet og spiller senere torsdag.
/ritzau/