To mænd er nu blevet anholdt i forbindelse med dødsfaldet, bekræfter det lokale politi.
"De to mistænkte er kendte kriminelle, der har terroriseret offentligheden. Vi er langt fremme i efterforskningen, og vi kan muligvis stille dem for retten i morgen", siger politichef Stephen Okal til nyhedsbureauet AFP.
34-årige Kiplagat repræsenterede Uganda ved OL i både Beijing, London og Rio samt seks gange ved VM. Han havde 3000 meter forhindringsløb som sin specialitet.
Ifølge politiets efterforskning ramte Kiplagat de to mænds motorcykel med sin bil.
"Det provokerede dem sandsynligvis til at begå den voldelig handling", siger Stephen Okal.
Eldoret og omegn er en populær destination og hjemsted for atleter, der laver højdetræning.
I 2021 blev den 25-årige dobbelte VM-bronzevinder Agnes Tirop fundet død efter adskillige knivstik i nærheden af Eldoret.
Kenyanerens mand blev anholdt, men blev i november løsladt efter to års varetægtsfængsling i den stadig verserende sag.