Haas-danskeren sluttede på 14.-pladsen, mens hollænderen Max Verstappen vandt og udbyggede sin føring i den samlede stilling, hvor han har kurs mod sit tredje verdensmesterskab på stribe.
Verstappen snuppede for sejren otte point, mens Oscar Piastri fra McLaren på andenpladsen blev noteret for syv point. Pierre Gasly blev nummer tre.
Verstappen har i den samlede stilling 289 point foran Sergio Perez med 171.
Løbet skulle have været sat i gang lidt efter klokken 17, men massiv regn skubbede starten med mere end en halv time og betød, at kørerne skulle ud i meget våde forhold.
Magnussen startede som nummer 18, men kørte sig hurtigt op på niendepladsen, da mange kørte i pit for at skifte dæk allerede på første omgang.
Danskeren var dog snart tilbage i den tunge ende af feltet, efter at han på anden omgang kørte i pit, men han formåede at køre sig frem i placeringerne efter at have været nede som nummer 19.
Team-kammeraten Nico Hülkenberg sluttede tre pladser længere tilbage som nummer 17, selv om han i det meste af løbet havde været foran Magnussen.
Max Verstappen indledte i front, men blev snart overhalet af australieren Oscar Piastri.
Piastri fik lov at føre feltet an på halvdelen af de 11 omgange, før Verstappen tog førstepladsen tilbage. Og her blev den suveræne hollænder til det sidste med fuld kontrol over løbet. Han vandt med et forspring på seks sekunder.
2023-sæsonen tæller seks sprintløb, hvorimod der de seneste år kun har været to.
Søndag køres det egentlige grandprix på Spa-banen. Magnussen starter som nummer 16, efter at han blev straffet med tre placeringer efter kvalifikationen.
Charles Leclerc starter i pole position.