For syvende gang i syv indbyrdes møder gik Axelsen fra banen som sejrherrer.
21-19, 21-12 vandt Axelsen ved EM i tyske Saarbrücken.
I lørdagens semifinale venter franske Toma Junior Popov, der er seedet som nummer fire.
I den anden semifinale møder andenseedede Anders Antonsen verdens nummer 68, den 21-årige finne Joakim Oldorff.
Rasmus Gemke fik en forrygende start på opgøret og virkede helt oppe i højeste gear fra første bold.
Axelsen blev sendt godt rundt på banen, og Gemke havde langt mere power, når duellerne skulle afgøres.
11-7 førte Gemke halvvejs, og ved 16-13 så stadig ud til at første sæt skulle ende med en overraskelse. Men Axelsen strammede grebet, øgede sit tempo og fik raget et tæt første sæt til sig.
I andet sæt var forskellen mere udtalt, og det endte, som de fleste havde forventet med en sejr i to sæt til Axelsen.
"Rasmus er en verdensklassespiller. Han har flere gange for nylig vist, at han kan spille op mod de bedste. Derfor var jeg også meget fokuseret og glad for sejren."
"I andet sæt var jeg bedre i kontrol med spillet, og Rasmus lavede flere fejl, mens jeg kontrollerede det forreste del af banen, og det blev afgørende", siger Axelsen i sit vinderinterview.