Miami kom tidligt bagud, da deres forsvarsspiller Franco Negri efter et hjørnespark fra Daniel Lovitz sendte bolden ind i sit eget net i bare kampens andet minut.

Gerardo Martinos hold har ikke formået at holde rent bur i de seneste 11 kampe, og det kunne have været værre, da Josh Bauer tre minutter senere sendte et skud på overliggeren.

Men Messi fik snart udlignet for Miami - argentineren blev spillet fri af Diego Gomez, og Nashville-keeper Elliot Panicco fik pareret skuddet, men da Luis Suarez sendte bolden tilbage til Messi, scorede han til 1-1 i det 11. minut.

To minutter senere udnyttede Messi noget sløset spil fra Nashville, men hans flade skud med højre fod tog stolpen.

Alt, hvad Miami skabte, kom gennem Messi, som sendte et skud langt over mål, før han et øjeblik senere slog et indlæg til Gomez' hovedstød, som dog blev reddet.

Seks minutter før pausen fandt Messis tidligere holdkammerat i Barcelona, Sergio Busquets, netmaskerne for første gang i MLS, da han med et fint hovedstød ved nærmeste stolpe fik ram på VM-vinderens hjørnespark.

Men hjemmeholdet fik et slag lige før pausen, da den paraguayanske landsholdsspiller Diego Gomez blev båret ud med en ankelskade, den seneste i en række af skader for Miami.

Hans afløser, den unge brasilianer Leonardo Afonso, fik bolden i nettet, men målet blev annulleret for offside.

Nashville kom stærkt ud efter pausen, men selv om de dominerede boldbesiddelsen i de første 20 minutter af anden halvleg, havde de ikke mange chancer ud over et par langskud fra den tidligere Brøndby-spiller Hany Mukhtar.

Ni minutter før tid kunne Miami afgøre kampen, da Afonso blev nedlagt i feltet, hvorefter Messi sendte straffesparket i mål.

Målet var Messis niende scoring i lige så mange kampe i alle turneringer i denne sæson for Miami.

Martino var utilfreds med, at hans hold var startet så langsomt.

"Uanset hvor heldigt deres mål var, startede vi ikke godt i de første par minutter. De var mere fokuserede, mere intense, de håndterede bolden bedre," sagde han.

"Der er mange ting, vi skal have rettet op på, men jeg vil gerne gøre det med hele holdet. Vi har syv eller otte spillere ude, og det er meget i en liga, der er så stram som MLS med trup- og budgetproblemer," siger han.

Miami har fået 18 point i de første ti kampe, og Martino sagde, at det var et godt udbytte, når man tænker på, at han arbejder med en så decimeret trup.

"Alt dette sker for os, og vi har stadig samlet 18 point, hvilket er betydeligt mere end sidste år på dette tidspunkt. Vi vil forsøge at samle point nu, så den anden del af året ikke bliver så krævende og dramatisk som sidste år," sagde han med henvisning til den ulykkelige sene jagt på en playoff-plads.

Et andet sted i MLS lørdag kom mestrene fra Columbus Crew bagud to gange før de fik 2-2 mod Phil Nevilles Portland Timbers.

Udligningen kom i det 74. minut på et fremragende langskud fra den franske back Steven Moreira.

Sidste sæsons tophold, Cincinnati, fik en imponerende 2-1-sejr over Atlanta United på trods af, at de kom bagud på et smukt, skruet skud fra den argentinske midtbanespiller Thiago Almada i det 59. minut.

Føringen varede kun tre minutter, da den regerende MLS-MVP Luciano Acosta førte Cincy frem på et kontraangreb og spillede landsmanden Luca Orellano fri til udligning.

Acosta fuldendte fem vanvittige minutter, da han scorede sejrsmålet, efter at han var blevet spillet fri af DeAndre Yedlin.