De er den niende italienske klub til at vinde hæder på kontinentet, og de gjorde det på den hårde måde ved at besejre Bundesliga-mestrene fra Leverkusen i finalen - et hold, der ikke havde tabt i 51 kampe på tværs af alle turneringer indtil i aften.
Manden, der brød stimen, er Gian Piero Gasperini. Med ansættelsen i 2016, har han været klubbens længst siddende træner fra Bergamo, og dette trofæ er hans første med Atalanta.
Hård rute til Dublin.
De toppede Gruppe D med 14 point efter fire sejre og to uafgjorte i seks kampe, tre point foran de nyligt kårede portugisiske mestre fra Sporting.
Skæbnen ville, at Atalanta skulle møde det portugisiske hold i ottendedelsfinalen, og italienerne gik videre, efter uafgjort 1-1 i første kamp i Lissabon, før de vandt den anden kamp 2-1.
Deres største test i turneringen kom i kvartfinalerne, hvor de mødte de engelske giganter Liverpool. Den første kamp på Anfield fik hele Europa til at rette opmærksomheden mod Atalanta. Det italienske hold vandt 3-0 takket være to mål fra angriberen Gianluca Scamacca og et andet fra Mario Pasalic, hvilket chokerede både Liverpool og hele fodboldverden
Liverpool vandt godt nok returkampen 1-0 en uge senere, men de kunne ikke forhindre Atalanta i at gå videre.
Netop den kamp var den eneste i turneringen, hvor de ikke formåede at score, og den stime fortsatte i semifinalerne, da en fremragende præstation mod Marseille efter 1-1 uafgjort i Frankrig, gav Atalanta deres billet til finalen takket være endnu en 3-0 sejr.
Den form tog de med ind i finalen, og skrev med sejren historie i Dublin.
Det har været en sæson at huske for Atalanta. Ikke alene har de løftet Europa League-trofæet, men de nåede også Coppa Italia-finalen - hvor de tabte 1-0 til Juventus - og de ser ud til at slutte på en femteplads i Serie A.
Den ligaposition, samt Europa League-triumfen har givet dem en billet tilbage til Champions League for første gang siden 2020. Hvor langt kan Gasperini tage dette hold næste sæson?
‘Neverlusen’ endelig slået
Den utrolige stime for Bayer Leverkusen sluttede endelig onsdag aften, men på trods af deres første tab i 52 kampe, har Xabi Alonso og hans spillere stadig meget at fejre og meget at spille for.
Rekorden på 51 kampe uden nederlag på tværs af alle turneringer slog den forrige rekord, sat af portugisiske Benfica fra 1950'erne, da de vandt deres første Bundesliga i fornem stil. Ingen nederlag i 34 kampe er ikke set før i Bundesligaens historie, og i processen detroniserede de rekordmestrene fra Bayern München.
Der kan være mere national hæder, der venter på Leverkusen i weekenden, da de har spillet sig frem til DFB-Pokal-finalen mod Kaiserslautern fra 2. Bundesliga.
Hvis de vinder den kamp, hvor de er storfavoritter, vil de fuldføre en ubesejret national double, som er sjældent set i europæisk fodboldhistorie.