Henderson skiftede fra Liverpool til den saudiarabiske klub Al Ettifaq i sommer, et skifte, der blev kritiseret for at være i modstrid med hans tidligere offentlige støtte til LGBTQ+-samfundet. Homoseksualitet er ulovligt i det mellemøstlige land.
Den tidligere Liverpool-kaptajn blev mødt med fjendtlighed fra tribunerne, da han vendte tilbage til Wembley i fredagens 1-0-venskabskamp mod Australien.
"Folk kan være uenige i Jordans holdning,men jeg synes ikke, det er en grund til ikke at udtage ham, og jeg synes faktisk ikke, det er en grund til at buhe af ham," sagde Southgate til journalister mandag. Vi vil gerne have alle fansene bag os."
"Jeg vil altid vælge de spillere, som jeg tror, giver os den bedste chance for at vinde, medmindre der er noget, som jeg ikke synes er passende. Hvis jeg bare valgte ud fra en popularitetskonkurrence, så ville vores hold se meget, meget anderledes ud."
Den engelske back Kyle Walker støttede også sin holdkammerat.
"Jeg har kendt Henderson, siden han var ni år gammel," sagde Walker. "Jeg støtter fuldt ud Jordan, hans beslutning og det, han har været nødt til at gøre."
England topper gruppe C med 13 point for fem kampe, tre point foran Italien, som slog dem på straffespark i EM-finalen i 2020.
"Hold lærer af finaler og tilbageslag og fortsætter med at opnå resultater," tilføjede Walker.
Southgates mænd slog Italien 2-1 i Napoli i deres første EM 2024-kvalifikationskamp i marts og har vundet tre af deres næste fire kampe i kvalifikationskampagnen.
England vil booke en plads ved næste års slutrunde i Tyskland med en sejr eller uafgjort mod Italien.
"Vores præstationer tidligere i gruppen har bragt os i en stærk position," tilføjede Southgate.
"Vi vil gerne spille godt og vinde kampen. Hvis det er det 87. minut, og vi er lige, behøver vi ikke at lobbe (sende) målmanden ind i boksen."