Sidste gang de to klubber tørnede sammen i turneringen i 2017, vandt Bayern München begge opgør i ottendedelsfinalen med 5-1 - et ydmygende resultat, der understregede Arsenals nedtur.
Arsenal er først vendt tilbage til Champions League i denne sæson, hvor de har nået deres første kvartfinale siden 2009-10-sæsonen, mens de stadig kæmper med om Premier League-titlen.
Arsenals form er så lovende og Bayerns aktuelle problemer er så store, at hjemmeholdet møder de seksdobbelte mestre som favoritter til en kamp mod enten Manchester City eller Real Madrid.
Men synet af den tidligere Tottenham Hotspur-angriber Harry Kane i Münchens rækker vil være en bekymring for hjemmepublikummet.
Kane har scoret 14 mål i 19 Nordlondon-derbyer, og den engelske anfører vil være utvivlsomt være tændt på at bringe sit tidligere holds rivaler og nuværende Premier League-førere ned på jorden igen.
"Når man ser på hans tal over de sidste 10 år, er de utrolige," sagde Arsenal-manager Mikel Arteta til journalister mandag. "Han kan score på mange forskellige måder."
"Han har dygtige spillere omkring sig til at give ham de muligheder... Men det er ikke kun ham det drejer sig om, med de 10 andre individer, de har.
"Vi kender de individuelle kvaliteter hos de spillere, og ham i særdeleshed. De evner, han har. Det bedste er kollektivt at forhindre visse ting."
Under standard
Mens Arsenal potentielt er syv kampe fra at vinde deres første engelske titel i 20 år, har Bayern langt fra levet op til deres normale standarder i Bundesligaen og er 16 point efter førerholdet Bayer Leverkusen.
Deres manager Thomas Tuchel stopper ved sæsonens slutning, men trods problemerne er Arteta stor fan af tyskeren, der vandt Champions League med Chelsea.
"De er et tophold. Jeg er en stor beundrer af Thomas. Den måde hans hold er sat op på, og den måde de spiller på" siger Arteta. "Jeg har lært meget af ham."
Spanieren lægger ikke for meget i Bayerns skuffende ligasæson og siger, at de stadig er et imponerende mandskab.
"Fodbold er sådan et konkurrencepræget miljø, og det er så svært at være stabile, at det kan ske for alle," sagde han om den negative stime af resultater, som har gjort Bayern til underdogs i dette opgør
Bayern har ingen fans på Emirates på tirsdag som straf for at have kastet fyrværkeri i forrige runde mod Lazio, og Arteta har opfordret hjemmeholdets fans til at gøre atmosfæren til en heksekedel.
"Fuldt hus! Masser af passion og følelser. Vi har ikke haft denne mulighed i 15 år, så det fortæller dig, hvor speciel denne aften bliver for os," sagde Arteta.
Arteta blev spurgt, om han ville udspørge Leverkusens manager Xabi Alonso om, hvordan man slår Bayern, men han var meget fåmælt.
"Godt spørgsmål, men jeg har ikke tænkt mig at svare på det!" sagde han.