Resultatet ser måske komfortabekt nok ud, efter at han kæmpede sig tilbage fra at tabe første sæt til at vinde 4-6, 6-1, 6-4, 6-3 - hans 33. sejr i træk ved Wimbledon.
Men den syvdobbelte mester vidste, at han havde været i en kamp mod den inspirerede syvendeseedede.
"Jeg synes, at han spillede fantastisk tennis i dag", sagde Djokovic om en modstander, som han slog på vej til at vinde Australian Open i starten af året.
"Han lagde et stort pres, spillede meget hurtigt, stod tæt på linjen og forsøgte at skubbe mig tilbage. Det var som et hundeslagsmål, for at være ærlig".
"Nogle point i kampen var så lange og udmattende. De partier i slutningen af tredje sæt, hvor kampen i bund og grund blev afgjort. Jeg følte en enorm lettelse, da jeg vandt tredje sæt".
Djokovic havde set ud til at være i kontrol, men i det 10. parti i andet sæt, som strakte sig over 15 minutter og indeholdt nogle tryllebindende partier, reddede han tre breakbolde og havde brug for fem sætbolde, før han endelig lukkede sættet.
Der venter endnu et hæsblæsende opgør på fredag, når Djokovic, der går efter sin ottende Wimbledon-titel og femte i træk, møder den ottendeseedede italiener Jannik Sinner (21).
Ligesom Rublev vil Sinner gå efter Djokovic med sit aggressive spil, og serberen behøver ikke at blive mindet om, at han var bagud med to sæt i sidste års kvartfinale, før han fik ram på Sinner.
"Han (Sinner) kan godt lide at spille på græs. Han kan lide at spille på hurtige overflader, fordi han kan lide at være aggressiv og tage kontrol over pointet," siger Djokovic og uddyber: "Fra både forhånd og baghånd smadrer han bolden rigtig, rigtig hårdt.
"Han er en meget komplet spiller. Nu er han for første gang i semifinalen i Wimbledon. Jeg ser frem til den udfordring. Jeg er sikker på, at han vil være meget, meget motiveret for at vinde.
"På den anden side er jeg det også."