Anfører Kian Hansen græmmer sig over både holdets forspildte chancer, men også den passive tilgang til målscorer Jakub Piotrowskis afgørende afslutning godt ti minutter før tid.
Indskiftede Ibrahim Osman og Marcus Ingvartsen var lidt uden for feltets kant tættest på polakken, men forsømte at presse ham tilstrækkeligt.
"Vi blev 100 procent for passive. Når man kravler otte mand ned i feltet i en fembackkæde, skal man stadig være aggressive i midten. Vi vidste, at han ville sparke udefra. Det var slet ikke godt nok," siger Kian Hansen til TV 2 Sport X.
FCN slog tidligere i gruppespillet Ludogorets 7-1 hjemme i Farum, og Fenerbahce blev siden banket 6-1 samme sted.
Men trods ti point og en målscore på 17-7 sluttede FCN på tredjepladsen bag netop Fenerbahce og Ludogorets.
"Jeg er sådan set sindssygt stolt af vores kampagne. Vi gav os selv de bedste kort på hånden. Men vi må blive klogere, og vi må se, om vi kan komme videre og i et nyt gruppespil," siger en slagen Kian Hansen.
FC Nordsjælland overvintrer som nummer fem i Superligaen og kan også se frem til to pokalsemifinaler mod AGF i foråret.