Men danskeren rejste sig flot og er stadig med i topstriden.
Her har han fået selskab af landsmand Thorbjørn Olesen, som efter en stærk fredag i seks slag under par er på otte slag under par - akkurat som Højgaard.
Amerikaneren Max Homa og franske Matthieu Pavon fører i ti slag under par.
Nicolai Højgaard delte førstepladsen med Homa og to andre efter førstedagen, men den 22-årige danskere kom helt skidt afsted fredag.
På andet hul måtte han bruge syv slag - to over hullets par - på at få bolden i hul. Kort efter indhentede han lidt af det tabte terræn med en birdie, men på hul 7 var den gal igen. Her blev det til en bogey.
På fornem vis fik han dog rettet op på sit spil og fandt stabilitet. En birdie på hul 9 blev indledningen til en god afslutning på banens anden halvdel. Yderligere tre birdies og ingen bogeys sikrede, at han fortsat er med i kampen om sejren.
Mens Højgaards runde svingede en del, var Thorbjørn Olesen sikkerheden selv hele vejen rundt på de 18 huller.
Han noterede seks birdies og ikke en eneste bogey i turneringen, som har en præmiepulje på seks millioner dollar. Det svarer til knap 42 millioner kroner.
Efter turneringen resterer kun sæsonens sidste turnering, DP World Tour Championship i Dubai i næste weekend, og for både Olesen og Rasmus Højgaard, der er nummer 19 efter to runder i Sydafrika, er der ekstra meget på spil.
De ti bedste spillere på DP World Tour efter Dubai, der ikke allerede har et, får således et kort og dermed adgang til den primært amerikanske PGA Tour, som Nicolai Højgaard allerede spiller på.
Olesen er aktuelt nummer otte på den liste, mens Rasmus Højgaard ligger lige uden for top-10.
Andetsteds spiller 13 danskere med i kvalifikationsturneringen Final Stage i Spanien. Her spilles seks runder frem til og med onsdag, og de 25 bedste får et kort til næste års DP World Tour.
Aktuelt er fire danskere i top-25, heriblandt Jeppe Kristian Andersen, der fører an med en score på syv slag under par. Også 35-årige Morten Ørum Andersen er foreløbigt inde i varmen og har kurs mod et comeback efter syv års fravær som fast spiller på touren.