Danskeren gik fjerde og sidste runde i ét slag under par, hvilket ikke var nok til hverken at forbedre sin position eller bevare en fornuftig placering.
Med resultatet endte Pedersen 14 slag under par i det samlede regnskab, hvilket svarer til en delt 21.-plads.
Før søndagens runde havde Pedersen på en delt sjetteplads blot to slag op til turneringens førsteplads.
Men hun formåede ikke at holde formen i fjerde runde, hvor det blev til tre bogeys og fire birdies.
Verdensetteren Nelly Korda, der som Pedersen startede fjerde runde på sjettepladsen, endte med at vinde Ford Championship med samlet set 20 slag under par.
Amerikaneren leverede hele syv birdies i fjerde runde, hvilket var nok til, at hun kunne lægge sig komfortabelt i front med to slag ned til australske Hira Naveed på andenpladsen.
Pedersens landsmand Nanna Koerstz Madsen fik en bedre afslutning på Ford Championship, da hun gik fjerde runde i to slag under par.
Hun leverede ellers søndag både to bogeys og én dobbeltbogey. Men med fire birdies og en eagle endte hun på en delt 30.-plads.
Den samlede præmiepulje i Ford Championship svarer til 15,5 millioner kroner, hvorfra vinderen snupper omtrent 2,3 millioner.