Pogba blev torsdag udelukket i fire år af Italiens antidopingdomstol efter at være blevet testet positiv for testosteron i de første uger af denne sæson, hvilket truede hans spillerkarriere.
"Det er meget trist både menneskeligt og for fodbolden, da vi mister en ekstraordinær spiller," sagde Allegri til journalister forud for Juves Serie A-kamp i Napoli på søndag.
"Jeg var heldig nok til at arbejde sammen med ham, træne ham, og det er meget svært at finde spillere som ham. Han er en fantastisk fyr."
Allegri tilføjede, at han havde sendt Pogba, som vil appellere karantænen ved Court of Arbitration for Sport (CAS), en besked om støtte, men ville ikke tale yderligere om en igangværende sag.
Den franske midtbanespiller Pogba, som vandt verdensmesterskabet i 2018, har næsten ikke spillet for Juve, siden han vendte tilbage fra Manchester United i 2022 på grund af en række skader og dopingkarantænen.
Pogbas repræsentanter sagde, at testosteronet kom fra et kosttilskud ordineret af en læge, han konsulterede i USA.
Hvis CAS bekræfter forbuddet, vil det betyde, at Pogba først vil kunne spille igen i sæsonen 2027/28, hvor han vil være 34 år.
Hans positive dopingtest kom, som han forsøgte at lægge en svær første sæson bag sig i Juve, hvor han kun fik 10 kampe, mens han også gik glip af Frankrigs mislykkede forsvar af VM i Qatar på grund af en skade.
Han fik to indskiftninger for Juventus i starten af denne sæson, før han blev suspenderet efter sin første negative prøve, som blev bekræftet som positiv i begyndelsen af oktober.
I mellemtiden er der en efterforskning i gang i Frankrig om et afpresningsforsøg mod ham i marts 2022, hvor Pogbas storebror Mathias er en af de mistænkte sammen med barndomsvenner af familien.
To ubudne gæster brød angiveligt ind i Pogbas hjem i en forstad til Paris og tilbageholdt ham mod hans vilje og krævede 13 millioner euro (97 millioner kroner i dagens kurs).