Liverpool besejrede Chelsea 4-1 i onsdags, og Nunez spillede alle 90 minutter, men Klopp sagde, at han forlod banen i en beskyttende støvle bagefter.
"Jeg ved ikke, om Darwin er til rådighed eller ej, for efter 20 minutter trådte nogen på hans fod, og det var meget smertefuldt," sagde Klopp til journalister forud for søndagens kamp på The Emirates.
"Han tog først støvlen af efter kampen, fordi han ikke ville se den før, han vidste, at der var noget, så han forlod stadion i en støvle, og det var ikke en fodboldstøvle.
"Intet er brækket, røntgenbilledet viser intet, men det er hævet. Vi må se, om han kan få foden tilbage i støvlen eller ej."
Mod Chelsea var Nunez i hopla i angrebet. Han scorede ikke, men ramte træværket fire gange, inklusive et straffespark på stolpen, og selvom Klopp indrømmede, at det påvirker spilleren, var han fuld af ros til uruguayaneren.
"Det kan selvfølgelig påvirke ham, han er et menneske, og det ville være mærkeligt, hvis det ikke påvirkede ham. Det straffespark, han brændte, det ramte ham helt sikkert," sagde manageren.
"Jeg dømmer ikke Darwin på grund af det med overliggeren, jeg dømmer ham for den assist, han lavede til Lucho (Luis Diaz), fordi det var sent i kampen og super afgørende for os.
"Det er fremragende fodbold, at man ikke bekymrer sig om sit eget spil, men bare bliver i kampen."
Klopp afviste antydninger om, at han havde en positive udfordringer med at udtage spillere som backerne Trent Alexander-Arnold og Andy Robertson, der var vendt tilbage fra skader, mens deres stand-ins Conor Bradley og Joe Gomez var i fremragende form.
"Det er ikke en udfordring, det er første gang i denne sæson, at vi har et slags luksusproblem, flere spillere til rådighed til forskellige positioner, end vi kan starte med, men det er absolut ikke noget problem."
Liverpool har fem point ned til Manchester City på andenpladsen og Arsenal på tredjepladsen, men City har dog en kamp i hånden, og Klopp er godt klar over, hvor svært det bliver at slutte foran Pep Guardiolas mandskab.
"Jeg tror, at det, vi har lært gennem årene, er, at hvis du vil være i nærheden af City, skal du vinde alle dine kampe, for det gør de," siger Klopp.
"De spiller utroligt godt og vil nok ikke selv mene, at de spiller deres bedste sæson, men se, hvor de er alligevel."