Everton blev i november frataget 10 point for at have overtrådt Premier Leagues regler for profit og bæredygtighed. Straffen blev reduceret til seks point i mandags efter en appel.
Dyche sagde, at fratrækningen af point halvvejs gennem sæsonen ikke var fair.
"Det, jeg har lært af processen, og det, jeg vil foreslå, er, at de ikke kan dømme dig midt i sæsonen," sagde den engelske manager til journalister forud for sit holds hjemmekamp i ligaen mod West Ham United.
"Det er vel bedre at gøre det i slutningen af sæsonen, og så gå ind i den nye sæson? Enhver sanktion vil ikke blive indført hist og pist, men vil være for den nye sæson...
"Så har du cirka tre måneder (i pre-season) til at gøre, hvad du skal for at være det bedste konkurrencedygtige hold, du kan være, selv med dine sanktioner."
Everton står over for endnu et potentielt pointfradrag efter at være blevet anklaget for et separat brud på ligaens finansielle regler i januar.