Philadelphia, som kom i MLS Cup-finalen sidste år og har en dominerende hjemmebanestatistik, var klar til at blive Miamis største test siden sidstnævnte tilføjede den argentinske angriber til deres trup i sidste måned.

Men det gæstende Miami-hold fik igen en hurtig start, da Josef Martinez scorede tre minutter inde i kampen på en aflevering fra Serhiy Kryvtsov.

En umarkeret Messi trådte derefter i karakter efter 20 minutter, da han modtog en aflevering fra Martinez og driblede fremad og affyrede et skud fra distancen, der trillede forbi Union-målmanden Andre Blake, som var langsom til at reagere.

Jordi Alba demoraliserede Union yderligere med et mål lige før pausen til en 3-0-føring, mens fansene buhede af hjemmeholdet, da de gik i omklædningsrummet.

Philadelphia fik reduceret ved Alejandro Bedoya i det 73. minut, men David Ruiz fandt igen nettet i det 84. minut for gæsterne, som har scoret 21 mål i deres seneste seks kampe.

Miami skal møde enten CF Monterrey eller Nashville SC, som spiller senere på tirsdagen, i lørdagens Leagues Cup-finale, Miamis første finaleoptræden i klubbens historie.

Sejren betyder også, at Miami skal spille i deres første CONCACAF Champions League nogensinde næste år.