Guardiola skiftede både Haaland og Kevin De Bruyne (32) ud før den forlængede spilletid i et overraskende træk i Citys straffesparkskonkurrence mod Real Madrid, der slukkede deres håb om at vinde The Treble for anden sæson i træk.
"Erling følte noget, et muskulært problem," sagde Guardiola til journalister fredag.
"Nu må vi se. Kevin følte sig udmattet og træt efter fem måneder ude med en skade (i starten af sæsonen), så det er normalt."
"Det er ikke overraskende," tilføjede Guardiola, at hans spillere kan mærke effekten af et hårdt program, som er et biprodukt af holdets succes.
"Det er normalt med det antal kampe, vi har spillet i denne sæson og i de foregående sæsoner," sagde spanieren.
"Der er ikke meget tid til at restituere, vi har spillet ekstra lang tid, og vi spiller med den intensitet, vi gør. Vi er ikke maskiner, trætheden er der."
City var på vej til at blive det første hold i historien til at vinde The Treble - Champions League, FA Cup og Premier League - to gange før onsdagens nederlag på Etihad.
De er stadig på vej mod en double efter at have taget et forspring på to point i toppen af ligaen sidste weekend med seks kampe tilbage.
På spørgsmålet om, hvordan hans hold kan komme videre efter Champions League-nederlaget, sagde Guardiola: "Vi har ikke noget valg, vi kan ikke have ondt af os selv.
"Vi har ikke tid til at reflektere, det gør vi til sommer. Man konkurrerer for at vinde, men nogle gange taber man kampe, og det var det, der skete."
Guardiolas mænd skal møde den tidligere City-fløjspiller Cole Palmer på lørdag på Wembley, efter at den 21-årige scorede fire mål i Chelseas 6-0-sejr over Everton i mandags, hvilket bragte ham på niveau med Haaland som ligaens topscorer i denne sæson. Haaland og Palmer har begge scoret 20 mål.
Det første spørgsmål til Guardiola på fredagens pressekonference handlede om Palmer, som blev solgt til Chelsea sidste år.
"Han er en exceptionel spiller, det vidste vi, da han var her. Jeg har sagt mange gange, at jeg ikke gav ham de minutter, som han måske fortjente, og nu har han fået dem i Chelsea. Jeg forstår det fuldt ud," sagde manageren.
"Han er en genert fyr med et stort potentiale. Det er, hvad det er. Han spiller fantastisk godt. Men han bad i to sæsoner om at komme væk. Jeg sagde 'nej, bliv'. Men han sagde stadig 'nej, jeg vil væk'. Hvad kunne vi gøre?"
City har vundet FA Cuppen seks gange. Med en sejr er der lagt op til en finale mod enten sidste sæsons nummer to, Manchester United, eller Coventry City fra Championship (den næstbedste række).