Det oplyser Det Internationale Motorsportsforbund (FIA) ifølge nyhedsbureauet Reuters.
Den syvdobbelte verdensmester Hamilton sluttede på andenpladsen.
Leclerc derimod startede i pole position, men endte som nummer seks i løbet, der blev vundet af Max Verstappen (Red Bull).
Ifølge mediet Sky Sports dumpede Hamiltons Mercedes eftersynet af dens gulv og undervogn. Det samme gjorde Leclercs Ferrari.
"Andre gjorde det rigtigt, mens vi gjorde det forkert, og der er ikke noget spillerum i reglerne. Vi er nødt til at tage det i stiv arm, lære og komme tilbage stærkere næste weekend," siger Mercedes' teamchef, Toto Wolff, ifølge Reuters.
Diskvalificeringen betyder ifølge Sky Sports, at Lando Norris (McLaren) rykker frem til andenpladsen i stedet for Hamilton, mens Carlos Sainz (Ferrari) nu indtager podiets sidste plads.
Mercedes har tidligere anerkendt overtrædelsen, hvilket blandt andet blev tilskrevet banens ujævne overflade, skriver nyhedsbureauet dpa.
Det gav løbsstewarderne dog ikke meget for, hvorfor de pointerede, at det er op til alle hold at sikre, at man overholder reglerne.
Det var 26-årige Verstappens 50. grandprixsejr i karrieren, og det var tredje år i træk, at han triumferede på Circuit of the Americas.
Før diskvalificeringen sluttede danske Kevin Magnussen som nummer 16 af 17 biler, der gennemførte løbet.