Han tabte i lige sæt mod canadieren, som han ellers har slået de sidste to gange i indbyrdes opgør, med cifrene 3-6, 2-6.
Han kæmpede med temperamentet flere gange undervejs, og mente også at tilskuerne larmede.
Rune fandt aldrig det spil, der i denne uge har givet ham tre sejre. Heller ikke mentalt så han ud til at være, hvor han skulle være. Således luftede han kampen igennem sin utilfredshed.
Den danske tennisstjerne må finde trøst i, at turneringen har lignet et vendepunkt for ham efter en periode med kun 1 sejr i 11 kampe.
Felix Auger-Aliassime spillede derimod en god og solid kamp og lavede meget få fejl.
Den 23-årige Auger-Aliassime har haft en svær sæson og er faldet ned som nummer 19 på verdensranglisten efter at have været fremme som nummer seks for et år siden.
Nu lader han til igen at have fundet formen i Basel, hvor han sidste år triumferede mod netop Rune i finalen.
Siden har Rune slået canadieren i både Paris Masters og i Beijing for godt en måned siden, men lørdag aften tog Auger-Aliassime teten fra begyndelsen.
Ved første lejlighed brød han Runes serv og servede sig derpå på 3-0.
Auger-Aliassime servede ikke specielt godt, men alligevel kom Rune ikke i nærheden af chancer i modstanderens servepartier i resten af sættet. Og canadieren sikrede sættet på sin første sætbold efter 36 minutters spil.
Rune brugte løbende krudt på at brokke sig til dommeren, og træner Boris Becker kom med en peptalk, hvor han opfordrede sin danske elev til at fokusere på spillet.
Men lige lidt hjalp det på kampbilledet fra starten af andet sæt. Her lavede Rune en stribe fejl, så Auger-Aliassime kunne bryde til 1-0. På breakbolden lavede Rune endda dobbeltfejl.
Auger-Aliassime fortsatte med at serve sikre partier hjem, mens han spillede sig til flere chancer i Runes serv. En af dem udnyttede han til at bryde til 5-2.
I det efterfølgende parti spillede Rune sig frem til sine to første breakbolde, men symptomatisk for kampen lukkede canadieren opgøret ved at vinde de næste fire bolde.
I den anden semifinale sejrede polske Hubert Hurkacz i en tæt kamp mod franske Ugo Humbert.
Den formstærke Hurkacz, der er nummer 11 i verden, vandt med 6-4, 3-6, 7-6. Den afgørende tiebreak endte 7-5.
Rune ligger lige nu på ottendepladsen på den liste, der giver adgang til ATP Finals i november. Hurkacz ligger lige bag Rune som nummer ni og kan komme meget tæt på danskeren med en triumf i Basel.
Spillerne kæmper videre om at komme med i den prestigefyldte sæsonfinale i næste uges Masters 1000-turnering i Paris, hvor Rune er forsvarende mester.