Verdensetteren tabte første sæt og var bagud midtvejs i tredje, inden han levede op til favoritværdigheden og vandt med 20-22, 21-11 og 21-18.
I kvartfinalen møder han Jonatan Christie fra Indonesien.
Axelsen har i den seneste tid kæmpet med fysiske problemer og måtte trække sig fra både Denmark Open og French Open i oktober.
Onsdag vendte han tilbage med en sikker sejr i første runde i Japan Masters, der rangerer som Super 500-turnering på BWF World Tour.
For Rasmus Gemke er deltagelsen i turneringen til gengæld et overstået kapitel. Danskeren tabte i tre sæt til hjemmefavoritten Kento Momota.
Den tidligere verdensetter Momota vandt sidste weekend sin første World Tour-turnering i to år, da han strøg til tops i Korea Masters.
Hans ellers succesfulde karriere led et knæk, da han i 2020 var involveret i en voldsom trafikulykke. I dag indtager han en beskeden 41.-plads på verdensranglisten.