Colombia slog Venezuela med 1-0, mens Peru med 10 mand klarede 0-0 mod Paraguay, da den lange rejse i den sydamerikanske kvalifikation til VM i 2026 gik i gang.
Messi, som førte Argentina til deres tredje VM-triumf i Qatar i december, har endnu ikke bekræftet, om han vil fortsætte på landsholdet hele vejen til 2026, men han viste endnu en gang sin vigtighed for landsholdet med matchvinder på en ellers frustrerende aften for Lionel Scalonis mandskab.
Lautaro Martinez tilkæmpede sig et frispark i det 78. minut lige uden for Ecuadors straffesparksfelt, og Messi eksekverede til perfektion, da hans afslutning svævede over muren og dykkede perfekt ned uden for Hernan Galindez's rækkevidde.
Med målet tangerede Messi sin tidligere holdkammerat i Barcelona, Luis Suarez fra Uruguay, som den mest scorende spiller i den sydamerikanske kvalifikation, begge med 29 mål.
Albiceleste var mest på bolden mod et Ecuador-hold, som forsvarede sig massivt og kun lejlighedsvis truede argentinernes mål.
Kampens første mulighed tilfaldt Messi i det 16. minut, da han blev spillet fri på kanten af feltet, men hans afslutning fra siden gik lige forbi stolpen.
Lige før pausen var Lautaro Martinez tættere på, da han gled ind i et indlæg fra Rodrigo De Paul, men hans skud ramte stolpen.
Messi arbejdede sig frem til en åbning i det 69. minut, men hans flade skud var svagt og blev klaret af Galindez.
Men de 80.000 tilskuere i Estadio Monumental fik noget at juble over med Messi's mål, og fra da af gik det som smurt for Argentina.
"Ecuador viste, at de har meget gode spillere, at de er fysisk stærke, og at de er klar over, hvad de gør," sagde Messi.
"Vi ved, at vi i hver kamp er nødt til at give os 100 procent for at klare det. Men vi vidste, at denne gruppe ville blive ekstra svær," tilføjede han.
"Vi nød fejringen af VM-titlen, men vi må huske at det forbi nu, og vi er nødt til at se fremad," sagde den syvdobbelte Ballon d'Or-vinder.
Lige på kornet
Et hovedstød i det 46. minut fra Rafael Santos Borre, efter et præcist indlæg fra Jhon Arias, var nok til at sikre Colombia tre point i Barranquilla.
Sejren sikrede en god start for Colombias nye træner, argentinske Nestor Lorenzo, som stod i spidsen for sin første turneringskamp.
Colombia formåede ikke at kvalificere sig til sidste års VM i Qatar, mens Venezuela håber at få deres første optræden nogensinde i en VM-slutrunde.
Perus svære opgave i Ciudad del Este blev endnu sværere, da de mistede forsvarsspilleren Luis Advíncula lige før pausen, da han blev udvist for sit andet gule kort.
Men de holdt fast i det ene point i en pulserende kamp i højt tempo.
Kvalifikationsprocessen til det udvidede VM med 48 hold, som skal afholdes i USA, Canada og Mexico, giver to ekstra pladser til Sydamerika med seks hold, der kvalificerer sig direkte.
Den syvende af de 10 nationer skal ud i en interkontinental play-off.
På fredag møder de femdobbelte VM-vindere Brasilien Bolivia, mens Uruguay er vært for Chile.